個人的に、AndEngineはいまのところAndroidゲームエンジンの本命だと見ています。
が、日本語の情報は少なく、いざアプリをリリースしてみると、いくつかドはまりしたポイントがありました。
サンプルだけを頼りにして組むと落ちるべくして落ちる落とし穴だと思うため、メモっておきます。
開発に役立てていただければ幸いです。

IS03で起動するとjava.lang.ExceptionInInitializerError

最初は原因が全くわからず、回避策として対応OSVerを2.3以降にしていたのですが、どうやら2.3以降の一部機種でも発生することがわかりました。
対策方法はとても簡単で、AndEngine/libs/armeabiにある、「libandengine.so」をプロジェクト内のlibs/armeabiに置くだけで解決します。

【注意】
GitHubに置いてあるファイルを右クリックでダウンロードすると、htmlになっているため、ちゃんと動きません。zipで落としたものを使うか、View Rawというリンクから落として使います。

【ご参考まで】
https://github.com/nicolasgramlich/AndEngine/issues/77

sceneでメモリリークする

スプライトとテクスチャは明示的に開放する必要があるようです。

public void destroy(){

    scene.detachChild(sprite); //see! now the code is backward!

    sprite.dispose();

    atlas.unload(carrier.mEngine.getTextureManager());
    atlas.clearTextureAtlasSources();

    sprite = null;
    altas = null;
    texture = null;
    scene = null;
    System.gc();
}

【ご参考まで】
http://www.andengine.org/forums/gles2/scene-memory-leak-t6994.html

SQLcipherと併用すると、SQLcipherのライブラリを読み込まなくなる

ビルド時に他プロジェクトを参照すると、libsに置いてある他のjarファイルを読み込まなくなることがあります。
今回はSQLcipher、AndEngine両方のjarファイルをプロジェクト内のlibsに置くことで解決しました。

一部機種にてテクスチャの読み込みに失敗してsceneが表示されない

正方形かつ、幅と高さが2の累乗サイズのみのテクスチャのみ対応のVGAを搭載している機種があるようです。
このため、使用する全てのテクスチャを正方形かつ幅と高さを2の累乗サイズに変更しました。

【ご参考まで】
http://blog.livedoor.jp/abars/archives/51986755.html

直近にリリースした「しあわせスープ道場」では、端末機種毎の動作にかなり違いがあり、急遽中古のIS03を購入しました。

今回、インターフェイスや画面構成をどこまでシンプルにできるかということがソフト品質に直結すると痛感しました。